Prototyp Audi bez problemów pokonał dystans wyścigu zostawiając za sobą Porsche. Romain Dumas przecinał linie mety ze stratą dwóch okrążeń do zwycięzców. W pierwszej czwórce zaś znalazły się dwa prototypy zespołu Rebelion Racing. Pozostałe maszyny z czołówki zmagały się z awariami.
Porsche z numerem dwa niemal cały wyścig przejechało bez pełnej mocy układu hybrydowego. Wyścig bardzo dobrze zaczęły Toyoty, a Kazuki Nakajima nawet prowadził, ale niestety oba prototypy odpadły przez awarie. Porsche z jedynką miało problemy z napędem, a potem przytrafiły się dwa kapcie i awaria skrzyni biegów. W drugim Audi uszkodzeniu uległa podłoga.
Sigmatech Alpine pierwszy raz wygrało w LMP2 dzięki Nicolasowi Lapierre, który wyprzedził Pipo Deraniego na 10 minut przed końcem. W GTE Pro wygrało ponownie AF Corse, zaś w GTE Am triumfował Aston Martin Racing.
Wyniki 6 Hours of Spa-Francorchamps 2016:
1. Lucas Di Grassi/Loïc Duval/Oliver Jarvis (BR/F/GB) Audi R18 160 okr.
2. Romain Dumas/Neel Jani/Marc Lieb (F/CH/D) Porsche 919 Hybrid -2 okr.
3. Mathéo Tuscher/Dominik Kraihamer/Alexandre Imperatori (CH/A/CH) Rebellion R-One-AER -4 okr.
4. Nicolas Prost/Nelson Piquet Jr/Nick Heidfeld (F/BR/D) Rebellion R-One-AER -5 okr.
5. Marcel Fässler/André Lotterer/Benoît Tréluyer (CH/D/F) Audi R18 -5 okr.
6. Simon Trummer/Oliver Webb/James Rossiter (CH/GB/GB) CLM P1/01-AER -9 okr.
7. Gustavo Menezes/Nicolas Lapierre/Stéphane Richelmi (USA/F/MC) Alpine A450b-Nissan -9 okr. (1. P2)
8. Ryan Dalziel/Pipo Derani/Chris Cumming (GB/BR/CDN) Ligier JS P2-Nissan -9 okr. (2. P2)
9. Ricardo González/Filipe Albuquerque/Bruno Senna (MEX/P/BR) Ligier JS P2-Nissan -9 okr. (3. P2)
10. Matthew Rao/Richard Bradley/Roberto Merhi (GB/GB/E) Oreca 05-Nissan -9 okr. (4. P2)